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藥瓶在干燥過程中生產型與實驗型凍干機干燥速度的差異，藥瓶傳熱量在干燥過程中，特別是在升華干燥階段，生產型與實驗型凍干機的干燥速度的差異是因為傳到擱板上配置藥瓶熱量不同所引起的。擱板中心部的藥瓶，平均來說其周圍側面被同溫度的藥瓶所包圍，熱量主要從底面傳往制品，其中僅少量從上擱板通過輻射傳熱。但是，擱板周邊的藥瓶，卻受到從板層端部的空余面（未放置藥瓶的部分）和箱體壁面的傳熱等影響。Pilot5-8T凍干機凍干效率高，板層均一度達到±1℃，凍干后的制品一致性好，復溶性好。
Pilot5-8T凍干機在藥物方面應用示例（蛋白藥物）：
1. 凍干溶液配方開發，采用正交法或響應曲面法進行輔料篩選。
2. 設計凍干曲線配合輔料篩選。
3. 玻璃態轉換曲線設計。
4. 退火實驗設計。
5. PAT預凍、升華及解析過程判斷。
6. 經過系統化實驗優化結果。
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